世紀(jì)之交，面對高等教育發(fā)展新的機遇與挑戰(zhàn)，學(xué)校提出新時期“一體兩翼三基”的辦學(xué)總格局和新型綜合性大學(xué)辦學(xué)目標(biāo)，進一步擴大辦學(xué)規(guī)模，改革人才培養(yǎng)模式，推進素質(zhì)教育，提高人才培養(yǎng)質(zhì)量，開展內(nèi)部管理改革，各項事業(yè)取得新的發(fā)展。
1999年1月9日，學(xué)校召開中國共產(chǎn)黨五邑大學(xué)第四次黨員大會。
1999年7月17日，五邑大學(xué)在第四屆教代會和第五屆工代會上提出了“一體兩翼三基”的辦學(xué)總格局。
2008年1月4日，學(xué)校召開中國共產(chǎn)黨五邑大學(xué)第五次黨員大會。
2008年，學(xué)校接受教育部本科教學(xué)水平評估并獲得優(yōu)秀等級，向僑鄉(xiāng)人民交了一份滿意答卷。
2009年，學(xué)校啟動學(xué)院制改革工作，在全日制二級教學(xué)單位組建12個學(xué)院、1個系、2個教學(xué)部。
2010年開始，學(xué)校加快人才培養(yǎng)模式改革的步伐，初步構(gòu)建起以“綜合實驗班”為龍頭的應(yīng)用型人才協(xié)同培養(yǎng)的多樣化格局。
學(xué)校學(xué)科建設(shè)和科研創(chuàng)新取得系列成果，服務(wù)社會能力顯著增強。
2008年4月8日，學(xué)校召開五邑大學(xué)董事會成立大會暨董事會第一次全體會議。
